یکی از بیتهای مثنوی معنوی که چند و چونی بسیار برانگیخته است؛ و گزارشهایی ناساز از آن کردهاند، بیتی است در دفتر سوم از این دریای توفنده راز که پیر نهانکار و بلخ در آن به شیوه اندیشمندان مشایی از عقل سخن رانده است: عقل اوّل راند بر عقل دوم، ماهی از سرگنده گردد نی ز دُم پیچش و دشواری این بیت در پاره دوم آن و در واژه «گنده» است؛ پارهای از گزارندگان مثنوی آن را گُنده خواندهاند، به معنی بویناک؛ و پارهای گُنده به معنی درشت و ستبر. مولانا جلال الدین درپاره نخستین بیت به شیوه مشّائیان از عقل اول و دوم سخن گفته است. ارسطو و اندیشمندان مشّایی پیرو وی، در چگونگی پدید آمدن جهان از خداوند، به خردهای دهگانه (عقول عشره)، چونان میانجیانی در میانه خداوند جهان میاندیشدهاند. خردهای دهگانه از عقل کل یا عقل کلی یا عقل اوّل آغاز میگرفته است؛ و به عقل فعال یا عقل فیاض یا عقل دهم پایان می یافته است. هر چه خرد فروتر می آمده است، از سادگی و فروری و پیراستگیش بیش کاسته میشده است؛ و با جهان مادی و پیکرینه همگونی و همگنی فزونتری مییافته است. پیر اسرار، حاج ملاهادی سبزواری در گزارشی که بیشتر به شیوه و روش فیلسوفان و استدلالیان بر رازنامه سترگ مولوی نوشته است، درباره خردها، در گزارشی بر همین بیت چنین نگاشته است: عقل اوّل راند بر عقل دوم: در بعضی نسخ، نفس اوّل راند بر نفس دوم، و عقل اشهر و اولی است و به عقل اوّل عقل کل و به نفس اوّل نفس کل مراد است؛ و علیایّ حال، میپروراند آن را که جنبش خلق از سر است؛ و در حیطه قضا و قدر است؛ و اوضح آن است که مراد به عقل اوّل کل عقول کلیّه است که در بدایات قوس نزولند، و به عقل دوم عقول انسانیّه که رد خواتم قوس صعودند؛ و سوق آنها بر اینها آن است که عقول انسانیّه، چه جزئیّه و چه کلیّه، همه متّصل میشوند به آنها، در تعقّلات؛ و درجات اتّصال متفاوت است.
کتاب مثنوی از کتابهای معدودی است که عظمت استعدادها و قوای مختلف بنی نوع انسانی را اثبات میکند. این کتاب که دربردارنده 25000 تا 28000 بیت است، هم از راه عقل و حکمت و هم از راه دل و عرفان واقعیات بسیار فراوانی را به قلمرو معرفت و حکمت و عرفان بشری عرضه داشته است. نویسنده در این کتاب به کشف الابیات مثنوی پرداخته است. علامه جعفری در مقدمه کتاب آورده است: «اینجانب در اثنای تألیف مجلدات تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی، برای تفسیر موضوعی برخی از موضوعهای بسیار بااهمیت مانند «عقل و عاقل و معقول»، «علت و معلول»، «موج» و غیر آن مجبور شدم همه ابیات مثنوی را برای استخراج همه موضوعهای مورد تفسیر یکایک ببینم. این کار دامنهدار موجب صرف وقت بسیار طولانی شد؛ لذا بر آن شدم که کشفالابیات کاملی را برای مثنوی تنظیم و تدوین نمایم. البته میدانیم آنهایی که تاکنون برای مثنوی نوشته شده است، کامل نیست و فقط کلمه اول و گاه کلمه دوم مصرع اول از ابیات برای پیداکردن بیت ثبت شده است. .... در این کشف الابیات همه مصرعهای مثنوی با نظر به نخستین کلمهای که دارند، زیر حرف کلمه اول خود آمده است».
کتاب مثنوی از کتابهای معدودی است که عظمت استعدادها و قوای مختلف بنی نوع انسانی را اثبات میکند. این کتاب که دربردارنده 25000 تا 28000 بیت است، هم از راه عقل و حکمت و هم از راه دل و عرفان واقعیات بسیار فراوانی را به قلمرو معرفت و حکمت و عرفان بشری عرضه داشته است. نویسنده در این کتاب به کشف الابیات مثنوی پرداخته است. علامه جعفری در مقدمه کتاب آورده است: «اینجانب در اثنای تألیف مجلدات تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی، برای تفسیر موضوعی برخی از موضوعهای بسیار بااهمیت مانند «عقل و عاقل و معقول»، «علت و معلول»، «موج» و غیر آن مجبور شدم همه ابیات مثنوی را برای استخراج همه موضوعهای مورد تفسیر یکایک ببینم. این کار دامنهدار موجب صرف وقت بسیار طولانی شد؛ لذا بر آن شدم که کشفالابیات کاملی را برای مثنوی تنظیم و تدوین نمایم. البته میدانیم آنهایی که تاکنون برای مثنوی نوشته شده است، کامل نیست و فقط کلمه اول و گاه کلمه دوم مصرع اول از ابیات برای پیداکردن بیت ثبت شده است. .... در این کشف الابیات همه مصرعهای مثنوی با نظر به نخستین کلمهای که دارند، زیر حرف کلمه اول خود آمده است».
"چامهی ترسایی" یکی از شگرفترین چامهها در دیوان خاقانی است. وی این چامه را در سالیان پنجاه از زندگانی خویش در زندان سروده است. چامهسرای بزرگ، آنگاه که به سومین سفر خویش به آهنگ دیدار از کعبه دست یازید، به خشم "شروانشاه" دچار آمد و دربند افتاد. در این اوان، بزرگزادهای از بیزانس، که "آندرونیکوس کومننوس" نام داشت و شروانشاه را در پیکار با روسیان یاری داده بود، به شروان آمد. خاقانی زمان را نیک شایسته دید، خواست که به پایمردی و یاری این بزرگزادهی ترسا، شروانشاه را بر خویش بر سر مهر آورد؛ سپس بند چامهای شگفت را سرود که "قصیدهی ترسائیه" خوانده شده است، و در فرجام آن، آندرونیکوس کومننوس را ستود. به پاس ترسا کیشی ستوده، زبانآور شروانی در این چامه پهنهای فراخ یافته است تا به نشان دادن دانش گستردهی خویش از آیین و فرهنگ ترسایان، تیز و تفت و توانا، به هر سوی بتازد؛ و شوخ و شگفتی کار، طرحی نوآیین و دیگرگون در سخن دراندازد. کتاب "سوزن عیسی" در سه بخش واژهشناسی، زیباشناسی، و ژرفاشناسی نوشته شده است و هر بیت چامه در آن از این سه دید، و هرگاه که نیاز نبوده است، تنها از دو دید نخستین کاویده شده است.
کتاب «سراچه آوا و رنگ» گزیده ای است از قصاید، غزلها، قطعه ها و رباعیات خاقانی شروانی که به همراه درآمدی در شیوه سخن خاقانی و زندگی او، به انتخاب و شرح دکتر میرجلا ل الدین کزّازی فراهم آمده است. انتخاب و گزینش اشعار به گونه ای بوده که مخاطبان را با فضا و دنیای شعر خاقانی آشنا کند. در شرح ابیات، شیوه های بلاغی و نکات زیبایی شناختی، ریشه شناسی، واژه شناسی، باورشناسی، نمادشناسی، زبان شناسی تطبیقی و سبک شناسی مورد توجه بوده است.